Untuk memenuhi kebutuhan sumber daya manusia yang berkualitas tinggi dalam penguasaan IPTEK yang didasari nilai keimanan dan ketakwaan, pada tahun 1996 atas ide dari Prof. Dr. -Ing. Bacharuddin Jusuf Habibie, Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT) mendirikan Magnet School yang nantinya berubah namanya menjadi SMU Insan Cendekia di Serpong dan Gorontalo melalui program penyetaraan IPTEK STEP (Science and Technology Equity Program) bagi sekolah-sekolah yang berada di lingkungan pondok pesantren.
Saat pendirian sekolah ini, B.J. Habibie menjabat sebagai Kepala BPPT, sekaligus Menteri Riset dan Teknologi. Sehingga tak salah kiranya bahwa lokasi didirikannya MAN Insan Cendekia berdekatan dengan Pusat Penelitian Ilmu Pengetahun dan Teknologi (Puspiptek) yang berlokasi di Tangerang Selatan. Tak hanya itu, B.J Habibie juga menaruh perhatian kepada sekolah ini dengan berkunjung ke MAN Insan Cendekia Serpong.
SMU Insan Cendekia di Serpong mulai beroperasi pada tahun 1996, dan menyusul satu tahun kemudian MAN Insan Cendekia di Gorontalo beroperasi pada tahun 1997.
Pada tahun pelajaran pertama (1996/1997), penerimaan siswa SMU Insan Cendekia diprioritaskan bagi siswa-siswi SMU/MA kelas satu dan siswa-siswi lulusan SMP/MTs berprestasi yang berasal dari pondok pesantren dan sekolah Islam lainnya. Akan tetapi, mulai tahun pelajaran kedua (1997/1998) SMU Insan Cendekia memberi kesempatan pula kepada siswa-siswi SLTP umum dan MTs, baik negeri maupun swasta.
Sejak tahun pelajaran 2000/2001 SMU Insan Cendekia, baik yang berada di Gorontalo maupun di Serpong, dilimpahkan pengelolaannya oleh BPPT kepada Departemen Agama RI. Untuk tetap mempertahankan ciri khas penguasaan IPTEK dan IMTAK, maka dalam pengelolaan dan pembinaannya, Departemen Agama dan BPPT terus melakukan kerja sama. Selanjutnya nama SMU Insan Cendekia ditransformasikan menjadi Madrasah Aliyah Insan Cendekia tanpa mengurangi dan mengubah sistem pengajaran secara keseluruhan yang telah berjalan selama ini. Pada tahun 2001, dengan SK Menteri Agama RI, Nomor 490 Tahun 2001 MA Insan Cendekia Serpong dan Gorontalo berubah menjadi Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Insan Cendekia Gorontalo dan Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Insan Cendekia Serpong.
Pada tahun 2004 dicanangkan pendirian MADRASAH ALIYAH UNGGULAN SWASTA berdasarkan surat keputusan Kakanwil Depag. Prov. Jambi Nomor Kw.04.4/4/PP.02.3/618/2004 TANGGAL 3 Desember 2004 tentang Pendirian MADRASAH ALIYAH UNGGULAN SWASTA di Kel. Pijoan Kecamatan Jambi Luar Kota Kabupaten Muaro Jambi
Pada tahun 2006, Nama Madrasah Aliyah diubah dari nama semula MADRASAH ALIYAH UNGGULAN SWASTA Desa Pijoan Kecamatan Jambi Luar Kota Kabupaten Muaro Jambi MENJADI MADRASAH ALIYAH CENDEKIA JAMBI di Desa Pijoan Kecamatan Jambi Luar Kota Kabupaten Muaro Jambi berdasarkanKeputusan Kakanwil Departemen Agama Prov. Jambi Nomor Kw.04.4/4/PP.02.3/1091/2006 tanggal 20 September 2006
Pada tanggal 27 September 2013, berdasarkan Keputusan Menteri Agama RI Nomor 186 Tahun 2013 tanggal 27 September 2013, Nama Madrasah Aliyah Negeri Cendikia Jambi diubah menjadi MADRASAH ALIYAH NEGERI INSAN CENDEKIA JAMBI.